所谓的三元，分上元、中元和下元。每一个元年中有60年时间，正好是一个甲子。每一个甲子的起始到癸亥的的结束则正好是一个元年。而所谓的九运，其实就是洛书中的一到九，每一个大元包含了180年，将其平均分配给九运，所以每一个运包含了20年。也就是说，每三个运可以组成一个元。

  上元可以分为：坎水、坤土以及震木。

  中元可以分为：巽木、中宫坤土以及乾金。

  下元可以分为：兑金、艮土以及离火。

  上元可配合一白，为一白运;配合二黑则为二黑运;配合三碧则为三碧运。

  中元可配合四绿，为四绿运;配合五黄则为五黄运;配合六白则为六白运。

  下元可配合七赤，为七赤运;配合八白则为八白运;配合九紫则为九紫运。

  三元九运最先被设计出来的目的在于：中国古代的科学家们发现，星宿中的土星与木星，二者每隔二十年会相会一次。每当这个时候，地球上便会发生一些灾难，而人们的行为也会变得怪异。为了能够洞悉这样的星宿现象，因此古人创立了三元九运。

  在三元九运之中，每一个不同的时间都有着不同的星星来起主导作用，而这些星星对于地球的作用也正好是每20年一个更换。由此，将每一个运中的二十年由什么星星掌控进行了命名，其主体掌握在北斗九星的手中。现在我们常说的“风水轮流转”，其实意思上就是说风水上的吉和凶是带有一定的时间性的，二者是相互依存的。有吉必有凶，有凶必有吉。而如何来判断这样的吉和凶，则就是通过三元九运的方法来进行的。