水晶石的种类比较繁多，根据其形成情况来分类主要分为成因分类和显示分类。

   成因分类：

  1、天然水晶石：

  天然水晶石是在自然条件下形成的，生长在地壳深处，通常都要经历火山和地震等剧烈的地壳运动才能形成，天然水晶属于矿产资源，非常稀有和珍贵，属于宝石之一。

  2、合成水晶：

  合成水晶石是也叫再生水晶石，是一种单晶体，亦称合成水晶、压电水晶。再生水晶是采用水热结晶法“模仿天然水晶的生长过程”，把天然硅矿石和一些化学物质放在高压釜内，经过1-3个月时间逐渐培养而成 经过加工后得到各种形状的水晶石颗粒晶莹透亮，光彩夺目，并且耐磨，耐腐蚀。

  3、熔融水晶：

  这类型的水晶石一般都是以水晶废料为原料在高温高压下熔炼出来的，而不是结晶成的，因此不具备水晶的晶体特性，熔炼水晶耐高温，用优质二氧化硅熔炼成的熔炼水晶可以做成实用产品比如水晶杯、烤盘、茶具等。

  4、K9玻璃仿水晶：

  K9玻璃虽然有是用二氧化硅为主要原料熔炼而成的，但是熔炼过程中加进了24%的铅，实际上就是铅玻璃。

  显示分类：

  1.特别类

  这类水晶和一般水晶分别很大，难以归为显晶类或隐晶类，所以归为特别类，例如结晶古怪嶙峋的Skeeton Crystal(骨干水晶)、水晶内的山水星像图案的Phantom Crystal(幻影水晶)等皆归纳为此类。

  2.显晶类

  平时我们观赏到由多条六角形水晶柱(六方晶系)生成一簇的水晶簇，便是属于Crystalline Varieties显晶类，如白水晶、紫水晶、黄水晶、粉晶、发晶、虎眼石等皆属此类。

  3.隐晶类

  隐晶类水晶外观是一块块的，不是成六角水晶簇状，但他们却也是属六方晶系的。但我们不能以肉眼观察到他们的六角形结晶，因为结晶的体积极为细小，需以显微镜协助下才能看到六角开结晶。而此类水晶非常平滑，因为结晶之间有“水化硅石”填补，玛瑙便属于此类。